Au cours des premières décennies après l’introduction de la pénicilline, l’adaptation bactérienne et la découverte de médicaments se sont surpassées, gardant la capacité des antibiotiques à traiter les infections avant la capacité des agents pathogènes à les éviter. Mais dans les années 1970, cet élan d’innovation du milieu du siècle s’était estompé. La fabrication d’antibiotiques est difficile : les médicaments doivent être non toxiques pour les humains mais mortels pour les bactéries, et ils doivent utiliser des mécanismes contre lesquels les bactéries dangereuses n’ont pas encore développé de défenses. Mais passer des antibiotiques produits dans la nature à la synthèse de composés en laboratoire était encore plus difficile.
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La résistance, quant à elle, a fait un bond en avant. La surutilisation en médecine, en agriculture et en aquaculture a propagé les antibiotiques dans l’environnement et permis aux microbes de s’adapter. Entre 2000 et 2015, l’utilisation des antibiotiques réservés aux infections les plus mortelles a presque doublé dans le monde. Les niveaux de résistance diffèrent selon l’organisme, le médicament et l’emplacement, mais le rapport le plus complet réalisé à ce jour, publié en juin 2021 par l’OMS, montre à quelle vitesse la situation a changé. Parmi les souches de bactéries qui causent les infections des voies urinaires, l’un des problèmes de santé les plus courants sur la planète, certaines étaient résistantes à un antibiotique courant jusqu’à 90 % du temps dans certains pays ; plus de 65 % des bactéries causant des infections sanguines et plus de 30 % des bactéries causant la pneumonie résistent également à un ou plusieurs traitements. La gonorrhée, autrefois une infection facile à guérir qui cause l’infertilité si elle n’est pas traitée, développe rapidement une résistance à tous les médicaments utilisés contre elle.
Dans le même temps, les facteurs de résistance, les gènes qui contrôlent la capacité des bactéries à se protéger, parcourent le globe. En 2008, un homme d’origine indienne a été diagnostiqué dans un hôpital en Suède avec une souche de bactérie porteuse d’un groupe de gènes lui permettant de résister à presque tous les antibiotiques existants. En 2015, des chercheurs britanniques et chinois ont identifié un élément génétique chez les porcs, le porc sur les marchés et les patients hospitalisés en Chine qui a permis aux bactéries de désamorcer un médicament appelé colistine, connu comme un antibiotique de dernier recours pour sa capacité à lutter contre les pires superbactéries. Ces deux éléments génétiques, faisant de l’auto-stop d’une bactérie à l’autre, se sont depuis propagés dans le monde entier.
Face aux difficultés économiques du développement de médicaments, la recherche sur les antibiotiques n’a pas suivi. En mars, les Pew Charitable Trusts ont évalué le pipeline mondial de nouveaux composés antibiotiques. Bien que le groupe en ait trouvé 43 quelque part au stade de la recherche préclinique ou clinique, il a déterminé que seulement 13 étaient en phase 3, seuls les deux tiers d’entre eux seraient susceptibles d’obtenir l’autorisation d’exercer – et aucun ne possédait l’architecture moléculaire pour lutter contre les agents pathogènes qui sont déjà les plus difficiles à traiter.
Leçons de Warp Speed
Alors, à quoi ressemblerait une opération Warp Speed pour la résistance aux antibiotiques ?
Le pipeline d’antibiotiques a besoin d’un coup de pouce dans plusieurs domaines clés : la recherche fondamentale, la conception d’essais et les incitations post-approbation. Heureusement, la réponse mondiale au covid a créé des précédents pour les trois.
La première étape consisterait à soutenir la recherche fondamentale sur le long terme. Les vaccins Moderna et Pfizer-BioNTech étaient prêts à fonctionner moins d’un an après la première reconnaissance d’infections humaines. Mais cette préparation est venue de 10 ans de recherche fondamentale sans aucune maladie spécifique à l’esprit. Une fois le covid apparu, Warp Speed a amené le vaccin Moderna à la ligne d’arrivée avec un financement de recherche supplémentaire. (Pfizer n’a pas reçu de soutien à la recherche de Warp Speed, mais les deux sociétés ont obtenu des fonds pour la fabrication et la production.)
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