Les scientifiques qui disent que l’hypothèse de fuite en laboratoire pour le SRAS-CoV-2 ne devrait pas être rejetée …

Cela aurait pu être un suicide professionnel pour les scientifiques de faire part de leurs soupçons sur une éventuelle fuite de laboratoire, dit Metzl, en particulier lorsqu’il y avait déjà une longue histoire d’épidémies virales provenant de la nature. Alina Chan, une stagiaire postdoctorale spécialisée en thérapie génique et en génie cellulaire au Broad Institute de Cambridge, Massachusetts, fait écho à ce point de vue. Chan dit que le risque de contester l’orthodoxie selon laquelle le SRAS-CoV-2 a des origines naturelles – une hypothèse tout à fait plausible, soutient-elle – est le plus grand pour les scientifiques établis dans le domaine des maladies infectieuses avec des rôles de supervision et du personnel à soutenir. Elle-même a passé une grande partie de l’année dernière à réclamer un examen plus approfondi d’une fuite potentielle de laboratoire, affirmant qu’en tant que postdoctorante, elle avait moins à perdre.

Le vitriol obscurcit également un impératif plus large, dit Relman, qui est que la découverte des origines du virus est cruciale pour arrêter la prochaine pandémie. Les menaces liées à la fois aux accidents de laboratoire et aux retombées naturelles augmentent simultanément à mesure que les humains se déplacent régulièrement dans des lieux sauvages et que de nouveaux laboratoires de biosécurité se multiplient dans le monde entier. «C’est pourquoi la question des origines est si importante», dit Relman.

«Nous avons besoin d’une bien meilleure idée de l’endroit où placer nos ressources et nos efforts», ajoute-t-il. Et si une version de laboratoire pour SARS-CoV-2 semble plausible, dit Relman, «alors cela mérite absolument beaucoup plus d’attention.»

Si le SRAS-CoV-2 s’est propagé aux humains depuis la nature, comment et où cela s’est-il produit? Un an après le début de la pandémie, ces questions restent ouvertes. Les scientifiques se demandent toujours si le virus est transmis directement aux humains à partir de chauves-souris infectées (réservoirs connus pour des centaines de coronavirus différents) ou via une espèce animale intermédiaire. Le marché de gros de Huanan Seafood à Wuhan était initialement considéré comme le site d’origine d’un éventuel débordement, car c’est là que le premier groupe de covid-19 – la maladie causée par le virus – a été détecté. Mais de nouvelles preuves suggèrent que les infections animales ou humaines peuvent avoir circulé ailleurs depuis des mois auparavant, et l’attention s’est depuis élargie à d’autres marchés de la ville, fermes fauniques dans le sud de la Chineet d’autres scénarios possibles, comme la consommation de viande congelée contaminée par des virus provenant d’autres provinces.

Surtout, les ancêtres immédiats du virus n’ont pas encore été identifiés. Le plus proche parent connu, un coronavirus appelé RaTG13, est génétiquement à 96% similaire au SRAS-CoV-2.

Un virus échappé au laboratoire, quant à lui, aurait été introduit dans le monde par un chercheur ou un technicien qui en a été infecté. Ces sortes de fuites de laboratoire se sont déjà produites auparavant et ont été impliquées dans plusieurs cas de transmission communautaire lors des flambées de SRAS au début des années 2000. En 2017, l’Institut de virologie de Wuhan est devenu le premier laboratoire de Chine continentale à recevoir la désignation de niveau de biosécurité 4 (BSL-4), le statut de sécurité le plus élevé pour un espace de recherche. Mais l’institut a également une histoire de pratiques de sécurité discutables. Les scientifiques du laboratoire ont signalé un manque de techniciens et d’enquêteurs dûment formés dans l’installation, ce qui a incité les diplomates américains qui se sont rendus en 2017 et 2018 alerter le département d’État. Dans le même temps, de nombreux scientifiques ont souligné, en particulier à la suite d’une récente et pour certains, contentieux, examen de l’hypothèse de fuite en laboratoire Magazine de New York, que les coronavirus ont généralement été traités à BSL-2 ou BSL-3 – niveaux de sécurité inférieurs.

Mis à part ces mises en garde, une théorie dominante parmi les partisans des fuites en laboratoire est que le SRAS-CoV-2 n’a pas simplement été introduit dans le laboratoire de Wuhan, mais y a été en quelque sorte conçu, étant donné que beaucoup de ses scientifiques effectuent régulièrement des recherches génétiques sur les coronavirus et peuvent également avoir «A collaboré à des publications et à des projets secrets avec l’armée chinoise», selon un département d’État américain fiche descriptive publié au cours de la dernière semaine de l’administration Trump. Le 9 mars, un chroniqueur du Washington Post, citant un fonctionnaire anonyme du Département d’État, suggéré que l’administration Biden – tout en s’arrêtant bien avant d’approuver une théorie particulière concernant l’origine du virus – n’a pas contesté bon nombre des points soulevés dans cette fiche d’information.

Pourtant, les sceptiques qui doutent de l’hypothèse d’une fuite en laboratoire disent que le SRAS-CoV-2 ne ressemble en rien à un virus artificiel. Au lieu d’apparaître en morceaux discrets, comme on pouvait s’y attendre avec un microbe génétiquement modifié, les différences avec RaTg13 sont distribuées au hasard dans tout le génome viral. Dans un courriel adressé à Undark, le professeur émérite de virologie de l’Université de Chicago, Bernard Roizman, a écrit que «nous sommes loin, de nombreuses années, d’une compréhension complète des fonctions et de la régulation des gènes viraux – les éléments clés essentiels à la construction de virus mortels.»

Le virus a une caractéristique inexplicable: un soi-disant «site de clivage de la furine» dans la protéine de pointe qui aide le SRAS-CoV-2 à se frayer un chemin dans les cellules humaines. Bien que de tels sites soient présents dans certains coronavirus, ils n’ont été trouvés dans aucun des plus proches parents connus du SRAS-CoV-2. «Nous ne savons pas d’où vient le site de la furine», déclare Susan Weiss, microbiologiste qui codirige le Penn Center for Research on Coronaviruses and Other Emerging Pathogens à la Perelman School of Medicine de l’Université de Pennsylvanie. « C’est un mystère. » Bien que Weiss affirme que le SRAS-CoV-2 n’a probablement pas été conçu, elle ajoute que la possibilité qu’il se soit échappé d’un laboratoire ne peut être exclue.

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Relman dit que c’est aussi possible que les scientifiques travaillant avec des coronavirus non divulgués et encore plus étroitement liés – peut-être un avec un site de clivage de la furine et un autre avec le squelette du gène SARS-CoV-2 – ont peut-être été tentés de créer un virus recombinant afin qu’ils puissent étudier ses propriétés. En effet, les chercheurs de l’Institut de virologie de Wuhan dans un premier temps omis de divulguer que huit autres coronavirus de type SRAS avaient été détectés dans des échantillons prélevés dans la même grotte minière où RaTG13 a été trouvé. Les ouvriers qui nettoyaient les excréments de chauves-souris dans cette grotte, située dans la province du Yunnan près de la frontière avec le Laos, ont développé une grave maladie respiratoire et l’un d’entre eux est mort.

Petrovsky penche vers un autre scénario potentiel, à savoir que le SRAS-CoV-2 pourrait être évolué à partir de coronavirus qui se sont glissés dans des cultures de laboratoire. Les virus apparentés dans la même culture, explique-t-il, comme l’un optimisé pour la liaison ACE2 humaine et l’autre non, peuvent échanger du matériel génétique pour créer de nouvelles souches. «Nous avons eu ce genre de choses dans notre propre laboratoire», dit-il. «Un jour, vous cultivez la grippe, puis un jour vous la séquencez, et vous dites: ‘Putain de merde, d’où vient cet autre virus dans notre culture?’ Les virus évoluent constamment et il est facile pour un virus d’entrer dans votre culture sans que vous le sachiez. » Petrovsky et plusieurs coauteurs ont spéculé dans un article publié en tant que prépublication non révisée par des pairs en mai de l’année dernière pour savoir si le virus était «complètement naturel» ou s’il provenait «d’un événement de recombinaison survenu par inadvertance ou intentionnellement dans un laboratoire manipulant des coronavirus». L’équipe n’a pas «dit qu’il s’agissait d’un virus de laboratoire», souligne Petrovsky, mais plutôt «simplement présenté nos données».

Mais fin avril 2020, alors que le groupe de Petrovsky réfléchissait à l’endroit où publier ses travaux, «Trump a laissé échapper» qu’il avait des raisons de croire que le virus venait d’un laboratoire chinois, dit Petrovsky. Et à ce moment-là, ajoute-t-il, une grande partie des «médias de gauche» ont décidé «qu’ils allaient dépeindre l’ensemble du laboratoire comme une théorie du complot pour faire tomber Trump.» Lorsque Petrovsky a approché les administrateurs du serveur de pré-impression bioRxiv, l’article a été refusé. Le personnel de BioRxiv a répondu qu’il serait mieux distribué après un examen par les pairs, «ce qui nous a stupéfiés», dit Petrovksy. «Nous pensions que le but de la pré-impression était de diffuser rapidement les informations importantes.»

Le papier était posté ultérieurement sur un autre serveur de pré-impression appelé arXiv.org, basé à l’Université Cornell. Bientôt, des journalistes sont venus appeler, mais la plupart venaient de médias de droite représentant ce que Petrovsky appelle «la presse Murdoch». Petrovsky dit qu’il a dû travailler pour empêcher certains journalistes tendancieux de déformer les conclusions de son article pour façonner un récit selon lequel le SRAS-CoV-2 avait été fabriqué sans équivoque. Et en même temps, dit-il, d’autres médias ont essayé de «se moquer de toute la possibilité du laboratoire».