Covid-19 : le Brésil sous la menace du variant P.1, un mutant du SARS-CoV-2

La consternation domine au Brésil devant le nombre de victimes annoncé chaque soir dans les médias : 1 726 morts mardi 2 mars, 1 910 morts le lendemain et le pays passait jeudi la barre des 261 000 morts, avec 1 781 nouveaux décès. « On assiste à une détérioration générale des indicateurs », a alerté, dans un communiqué, le centre de recherches médicales public Fiocruz, constatant « une augmentation des contaminations et des décès et une occupation en soins intensifs supérieure à 80 % dans dix-neuf des vingt-sept Etats du pays ».

Comme lors de la première vague en mars 2020, ce sont les gouverneurs et les maires qui ont mis en place restrictions et couvre-feux cette semaine, en désaccord avec le pouvoir fédéral. Le président, Jair Bolsonaro, a une nouvelle fois critiqué les autorités locales jeudi 4 mars, les priant « d’arrêter de geindre ». Les restrictions sont pourtant bien timides, alors que seulement 7,4 millions de personnes ont été vaccinées, soit moins de 4 % de la population.

A Manaus, les spécialistes ne sont guère surpris de la dégradation des indicateurs épidémiques. « Comme l’an dernier, c’est le même film qui se répète. La situation à Manaus devient hors de contrôle et, un mois plus tard, le reste du pays connaît le même sort », estime Felipe Naveca, virologue au centre Fiocruz à Manaus.

La capitale de l’Etat de l’Amazonas (2,2 millions d’habitants), qui a connu en décembre et en janvier une explosion de cas et l’apparition d’un variant local dénommé P.1, commence à peine à respirer. Manaus est devenue un terrain de recherche pour les scientifiques qui cherchent à comprendre ce qui attend le reste du pays, et en particulier à mieux cerner le comportement du variant. Ces dernières semaines, trois études apportent quelques enseignements à ce sujet. Elles ne sont encore disponibles qu’en prépublication (c’est-à-dire qu’elles n’ont pas passé le filtre de la relecture par les pairs), mais leurs résultats sont très discutés dans la communauté scientifique.

« Quelques cas isolés en réinfection »

Dans la première étude, présentée le 26 février sur le site Research Square, les chercheurs ont analysé 250 échantillons de matériel génétique de patients infectés par le SARS-CoV-2 dans l’Etat de l’Amazonas. Ils en ont conclu à une nette augmentation de la charge virale avec le variant P.1 – jusqu’à dix fois plus importante –, chez les adultes entre 18 et 59 ans et les femmes âgées. « Pour les hommes âgés, nous n’avons pas trouvé de différence. Notre hypothèse est qu’ils sont vulnérables à toutes les souches avec une charge virale déjà très élevée », explique le virologue Felipe Naveca. Les chercheurs ont également montré la prédominance de cas du variant P.1, lors de cette seconde vague à Manaus. Un phénomène qui risque de se répéter dans tout le Brésil, où sa présence a déjà été détectée dans dix-sept Etats.

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